Още преди идването на гръцките колонисти около 430 г.пр.Хр. на мястото на Ахтопол има селище, укрепено със стена. Наименованието Агатуполис вероятно се появява след 640 г., когато арабите превземат Египет -житницата на Византия. След това събитие главен снабдителен район на Константинопол стават сегашните български земи. От скотовъдна Странджа византийската столица си осигурява най-вече с месо. Вероятно по тази причина градът е наречен Агатуполис - градът на богатствата /от старогръцката дума агата - блага, богатства/. Турското население го нарича Ахтембол. Ако сте в Ахтопол за първи път, силно ще се впечатлите от гледката, която се разкрива от пристанищния кей. Морският фар, разположен близо до брега, е построен върху скала, която е естествен вълнолом от Античността до днес. На брега, близо до рибарските лодки, ще видите части от антична крепостна стена. Тя се запазва здрава и изпълнява предназначението си до XV  век. Градът  има богата история. Откритите неотдавна археологически паметници показват, че тук е съществувала атинска колония. Каменни, оловни и железни котви, открити в ахтополския залив, свидетелстват за активно мореплаване в древността. Тук е функционирала и монетарница от IV в. пр. Хр. Средновековният Агатопол често се среща в историческите извори, най - ранният от които е колона от времето на хан Крум/812г./ Проучванията на Ахтопол през 2014г. разкриват  старини, аналогични с тези от Плиска, Преслав и Дръстър, което е свидетелство за голямото значение на града в очите на владетелите на Първото българско царство.От 885г. Ахтопол е епископия, подчинена на архиепископа на Адрианопол. След въстанието на Асеневци градът е  разменна монета между България и Византия през целия период до превземането му от османците през 1453г. След Балканските войни, говорещите гръцки език жители на Ахтопол, се изселват в Гърция и основават селище със същото наименование.Така на брега на Егейско море се появява  селището Неа Агатуполис. В  Ахтопол се заселват бежанци от Източна Тракия - от гр. Бунар Хисар и с.Яна. През октомври 1918 г. пожар унищожава старинния Ахтопол. Градът гори отново през 1935г. и през 1945г. От красивия град с двуетажни богати къщи, магазини, църкви и параклиси се запазва единствено църквата „Възнесение Господне“, разположена на североизточната част на полуострова. Запазила се е и една от старите къщи до брега на морето , напомняща за миналото на този град. Днес Ахтопол е едно от най-предпочитаните места за летен отдих с големи плажни ивици, с  дъх на смокини и древна история.